Sjöar Svenljunga är en sjörik kommun, totalt 318 sjöar. De flesta sjöarna är näringsfattiga skogssjöar med undantag av bl a Ullasjön, Göjesjön, Simmesjön och Örsåssjön. Flertalet sjöar är därför känsliga för försurning och stora kalkningsinsatser genomförs för att behålla fisk och de fåglar som lever av fisk. Endast 28 av de största sjöarna är upptagna i länsstyrelsens naturvårdsprogram. Fegen, Spaden och Lysjön har fått högsta naturvärdesklass. Fegen med Svansjöarna är av riksintresse för naturvård. Fegen-området ingår även som ett Natura 2000-område. Sjön är fiskrik och hyser den unika vårlekande siklöjan. Här häckar även en god population av fiskgjuse och storlom. I Lysjön finns två arter av en sällsynt bottenlevande alg.
Vattendrag De största vattendragen utgörs av Ätran och Viskan, där sistnämnda endast berör nordvästra delen av kommunen medan Ätran med biflödena Assman och Lillån är det dominerande vattendraget från norr till söder som präglar kommunens landskapsbild. I Ätrans norra och södra delar finns fina forspartier kvar medan den söder om Svenljunga tätort bildar korvsjöar och vackra meanderslingor. Höga naturvärden i vattendrag och sjöar är främst knutna till en ”ren vattenmiljö” där arter som strömstare, forsärla, öring samt flodpärlmussla har en förutsättning att leva.
Våtmarker Det västliga läget i landet innebär en hög nederbörd och en låg avdunstning vilket medför att Svenljunga är belägen inom Götalands försumpningsområde. Den totala våtmarksarealen uppgår till 25 % av kommunens yta. Bland de mäktigaste kan nämnas Storamossen – Hestramossen, Öjamossen – Nycklamossen, Hästamossen och Ammamossen. Av dessa ingår Hestramossen, Ammamossen och Hästamossen i den nationella myrskyddsplanen.
